Петр Борисович Ганнушкин родился 8 марта 1875 года в Рязанской губернии в семье сельского врача. Мать была из дворянской фамилии, была образована, знала языки, разбиралась в живописи, поэзии, музыки и философии. Именно мать занималась начальным образованием своих детей.
В 1884 году Ганнушкины перебираются в Рязань, т.к. отец получил приглашение на работу в мужскую гимназию. В этой гимназии продолжил образование и его сын Петр. Молодой гимназист учился прилежно, но не всегда мирился со строгой дисциплиной.
Внеклассные кружки не посещал, проявлял интерес к человеческим характерам. Уже в гимназии будущий психиатр стал наблюдать и изучать особенности человеческой психики. Для себя он отмечал очевидную ему связь между психическим состоянием и физическими действиями человека.
В это же время в Рязанской губернии психиатр Н. Баженов изменил систему психиатрической помощи в местной больнице. Он ввел систему открытых дверей в отделении, отменил смирительные рубашки, стал активно и успешно применять трудотерапию. Ганнушкин был впечатлен этими событиями, новаторство местного психиатра вдохновило Петра Борисовича на еще большее усердие в постижении глубин психиатрической науки.
С золотой медалью окончив гимназию, Петр Борисович поступает на медицинский факультет Московского университета. С увлечением Ганнушкин изучает психиатрию. Педагогический состав университета был блестящим: профессор кафедры общей терапии и диагностики М. Черенов, отец русской физиологии И. Сеченов, невролог и психиатр А. Кожевников, автор известной на весь мир диссертации «Об алкогольном параличе» С. Корсаков.
После окончания университета Петр Борисович занимается изучением амбулаторной клиники и пишет научные труды. Совместно с другим ассистентом Корсакова С. Сухановым Ганнушкин составил несколько научных работ об анализе однородных форм болезней.
Научный анализ показал, как навязчивые идеи переходят в слабую форму шизофрении. Также было отмечено, что сексуальные отклонения являются сопутствующим проявлением навязчивых идей, а не причиной болезни, как утверждал Фрейд.
В 1904 году под руководством В. Сербского Петр Борисович защищает докторскую диссертацию «Острая паранойя». Далее Ганнушкин погружается в изучение пограничной и социальной психиатрии, расширяя понятие психопатии, трактуя его как личностное образование, а не аномалию характера. Развитие психопатии обусловлено возрастом и социальными условиями.
Неблагополучие человека всегда отражается на его психическом здоровье. По мнению Петра Борисовича, наиболее частые вспышки психопатии встречаются у подростков, но правильно организованный труд и воспитание будут определенно влиять на течение психопатии.
Большой и важный период жизни Ганнушкина связан с работой в московской Алексеевской психиатрической больнице. Далее с 1918 году Петр Борисович занимает должность профессора кафедры психиатрии в Московском университете, продолжает изучать природу психопатии, отмечая тесную связь психики с политическими и социальными событиями в обществе. Поэтому для выбора методов лечения необходимо изучить окружающую среду больного.
Скончался Петр Борисович Ганнушкин 23 февраля 1933 в Москве.